Bei Amalia und der verborgene Schatz von Alexandra Fischer-Hunold handelt es sich um den dritten Teil einer Reihe, allerdings ist es nicht schlimm, wenn man den ersten Teil nicht kennt.

Zu Anfang sind die Gespensterschüler und -Lehrer alle in den Ferien und nur Herr Dreistein befindet sich in der Schule. Er arbeitet in der Bibliothek. Als Schüler und Lehrer zurückkommen, finden sie die Bibliothek verwüstet vor und Herr Dreistein ist verschwunden. Erst einmal denken alle, dass Herr Dreistein einfach verrückt geworden ist, doch als immer mehr seltsame Dinge geschehen, fangen Amalia, Eduard, Emily und Finn an zu ermitteln.

Zum einen wird ein Brief in der Bibliothek entdeckt, der an Amalia adressiert wird, allerdings befindet sich im Umschlag kein Brief mehr und Amalia wüsste auch nicht, wer diesen Brief an sie geschickt haben könnte. Außerdem hören sie in der Schule immer wieder ein komisches Surren, das sie nicht zu ordnen können bis Finn sagt, dass es nach Kameras klinge. Allerdings verstehen sie nicht, woher diese Kameras in ihrer Schule kommen sollten. Hinzu kommt ein sehr starker Zitronengeruch, der ihnen auch an verschiedenen Stellen in der Schule öfter auffällt.

Da Dreistein den Unterricht, den er halten sollte, nicht halten kann, da er ja verschwunden ist, bestellt der Direktor der Schule einen Gastlehrer: Finn, den Menschenjungen. Er soll Spuken in modernen Zeiten unterrichten, weil er ja als Mensch weiß was Menschen besonders schrecklich und schaurig finden und es den jungen Gespenstern deshalb beibringen kann.

Als ihre Freundin Emily verschwindet, wollen Amalia, Eduard und Finn endlich herausfinden, was in ihrer Schule vorgeht. Sie erhalten ein Schreiben von einem Gespensterjäger und dem Entführer der beiden verschwundenen Gespenster, dass er diese gegen Amalia eintauschen möchte. Die Freunde planen also einen Austausch, aber so, dass Amalia nicht vom Gespensterjäger eingesperrt wird und dennoch ihre Freunde, Herr Dreistein und Emily, freikommen.

Als dann auch noch ein Verwandter von Amalia auftaucht und ihr gesteht, dass ihr Familienschloss langsam verfällt, suchen die Freunde nach dem Schatz der Familie Fidlin, damit Amalias Familienschloss mit diesem Vermögen gerettet werden kann.