Bei Die magische Gondel von Eva Völler handelt es sich um ein phantastisches Jugendbuch, in dem sowohl Zeitreiseelemente als auch eine Liebesgeschichte eine Rolle spielen.
Die 17-jährige Anna lebt im Jahr 2009 und verbringt ihre Ferien mit ihren Eltern in Venedig. Sie verbringt viel Zeit damit alleine durch die Stadt zu streichen und kennt sich inzwischen schon ein bisschen in Venedig aus. Eines Tages wird sie im Hotel von einem etwa gleichaltrigen Jungen namens Matthias Tasselhoff angesprochen. Matthias und sie verbringen einige schöne Stunden zusammen und kaufen gemeinsam eine typische venezianische Maske und essen gemeinsam Tramezzini. Während ihrer Mahlzeit sehen sie zwei Männer die miteinander kämpfen und Anna beginnt sich für den Sieger der Auseinandersetzung zu interessieren.
Einige Tage später verbringen Matthias‘ Familie gemeinsam mit Annas Eltern und ihr einen Tag bei der historischen Bootsparade. Ein Mann drängelt sich an den beiden Familien vorbei um zu einer roten Gondel zu gelangen und stößt Anna dabei ins Wasser. Der junge Mann zieht sie zwar aus dem Wasser, scheucht sie dann aber aus der Gondel. Anna schafft es nicht schnell genug aus der Gondel und wird durch einen Knall und einen Blitz offenbar ohnmächtig. Sie erwacht bei Nacht verwirrt und nackt in einer staubigen Gasse. Ein anderer junger Mann, der sich ihr als Bartolomeo vorstellt, bringt sie zu Matilda, die einen Laden mit Cremes, Tinkturen, Seifen und Kräutern unterhält. Bei Matilda leben auch ihr Mann Jacopo und ihre Gehilfin Clarissa.
Anna hat natürlich sofort gemerkt, dass sie nicht mehr in der Gegenwart ist, denn am Kanal gibt es keine elektrischen Laternen, kein Licht dringt aus den Häusern und alle Menschen sind in historische Kostüme gekleidet. Schnell stellt sich heraus, dass auch Clarissa aus der Zukunft stammt, allerdings kommt sie ursprünglich aus Frankreich und kommt eigentlich aus dem späten 18. Jahrhundert; also zur Zeit der französischen Revolution. Nach und nach stellt sich heraus, dass Clarissa Anna immer wieder belogen hat, sodass Anna am Ende nicht mehr weiß, ob sie Clarissa glauben schenken kann oder nicht.
Anna findet nach und nach mehr über diese Zeitreisen heraus. Sie erfährt, dass sie aus einem bestimmten Grund ins Venedig im Jahr 1499 gebracht wurde und dass sie erst zurück kann, wenn sie ihre Aufgabe erfüllt hat. Was genau ihre Aufgabe ist, muss sie selbst herausfinden. Sie trifft auch den Mann wieder, den sie mit Matthias zusammen gesehen hat. Sebastiano ist ein Zeitreisender, der von der Uni, an der er studiert, angeworben wurde um dafür zu sorgen, dass die Dinge ihren richtigen Lauf nehmen und nicht von Bösewichtern verändert werden. Bartolomeo, der von Anna Bart genannt wird, ist ein Helfer, der nicht alles weiß, aber zumindest von den Zeitreisen weiß und der selbst auch nicht in der Zeit reisen kann. Und José und Esperanza wissen nicht nur von den Zeitreisen, sondern helfen den jungen Menschen sogar dabei in der Zeit zu reisen, beide sind schon ziemlich alt und offenbar können nur die Alten den jungen beim Reisen helfen.
In den nächsten Wochen muss Anna einige Male umziehen, denn sie ist bei Matilda nicht mehr sicher. Erst zieht sie zu Marietta in ein Kurtisanenhaus, dann zu Dorotea in ein Kloster und später spielt sie Sebastianos Frau und lebt mit ihm auf einem stauben, kleinen Dachboden. Sie umsorgt den schwerverletzten Sebastiano dort und lässt ihn schließlich von José zurück in ihre Zeit bringen, weil er nur dort die medizinische Versorgung erhalten kann, die er braucht. Währenddessen versucht sie Trevisan, einen Politiker, der von Alvise Malipiero, der seine eigenen Ziele verfolgt, getötet werden soll, zu beschützen und rettet ihm mehr als einmal das Leben.
Als Sebastiano wieder zurück ist, beginnt der finale Kampf, bei dem sich nicht nur vermeintliche Verbündete als Helfer der Bösen entpuppen, sondern auch suspekte Menschen in ihrem Umfeld als Freunde in der Not. Die Bösen sind in der Überzahl und Anna weiß was von dieser Konfrontation abhängt: Nichts weniger als die Zukunft der gesamten Stadt. Kann sie die Bösen noch aufhalten?