Kleine Wunder um Mitternacht von Keigo Higashino erzählt die Geschichte von einem Gemischtwarenladen und dessen Besitzer, der den Menschen, die einen Rat suchen, diesen erteilt.

Die Geschichte beginnt mit drei Einbrechern, die zufällig in einen alten, geschlossenen Gemischtwarenladen einbrechen. Dort wollen sie die Nacht verbringen bis sie am nächsten Morgen weiterreisen können. Als sie hören wie ein Brief durch den Schlitz im Rollladen geworfen wird, halten sie dies erst für einen Scherz oder für einen Plan um sie aus dem Laden raus zu locken. In dem Brief schildert eine junge Frau ihnen ein Problem und bittet um Rat: Sie ist Sportlerin und möchte an Olympia teilnehmen. Um für die olympischen Spiele ausgewählt zu werden, muss sie viel trainieren. Gleichzeitig ist ihr Freund allerdings schwerkrank und hat nur noch ein paar Monate zu leben. Sein größter Traum ist es, sie bei Olympia antreten zu sehen. Deshalb weiß sie nicht, ob sie bei ihm bleiben soll, oder ob sie lieber trainieren soll. Egal was die drei Einbrecher Atsuya, Kohei und Shota ihr raten, sie verdreht diese Ratschläge und macht offenbar immer das komplette Gegenteil. Resigniert geben die drei auf, doch es kommen nun auch noch neue Briefe von anderen Ratsuchenden.

In der nächsten Geschichte geht es um einen Musiker, der sein Studium abbricht, um endlich groß rauszukommen. Nachhause möchte er erst wieder zurückkehren nachdem er seinen Durchbruch gefeiert hat. Als er eines Tages einen Anruf seiner Schwester erhält, die ihm mitteilt, dass seine Großmutter gestorben ist, fährt er nachhause um zur Trauerfeier bei seiner Familie zu sein. Als er sieht wie schlecht es seinem Vater geht, sucht er Rat bei Herrn Namiya: Soll er seinen Traum von der Musik aufgeben und in das Fischgeschäft seiner Eltern einsteigen, damit sein Vater weniger arbeiten muss? Shota, Atsuya und Kohei sagen ihm auf den Kopf zu wie dämlich er ist, den sicheren Job im Geschäft seiner Eltern nicht anzunehmen, obwohl andere froh wären, hätten sie einen Job. Als sich herausstellt wer der Musiker ist, raten sie ihm plötzlich doch zu seiner Musikkarriere. Eines Abends spielt er in einem Kinderheim in der Nähe seiner Heimatstadt. Dort kommt es am Weihnachtsabend zu einem großen Unglück, denn es bricht ein Feuer aus.

Im dritten Abschnitt geht es um Herrn Namiya selbst, der zum einen einen Hilferuf einer jungen Frau erhält und zum anderen um seine Krankheit, seinen Tod und einen Traum, den er sich erfüllt. Diese junge Frau ist schwanger von einem verheirateten Mann. Sie ist unsicher, ob sie das Kind bekommen soll, oder nicht und schreibt Herrn Namiya, um ihn um Rat zu bitten. Er ist unsicher, was er ihr raten soll, denn sie hat zuvor mehrmals versucht schwanger zu werden, wurde aber nie schwanger. Diese Schwangerschaft ist also wahrscheinlich ihre letzte Chance ein Kind zu bekommen. Yuji Namiya bittet seinen Sohn um einen großen Gefallen bevor er stirbt: Er soll in der Zukunft, in 30 Jahren, ein Special ankündigen. Dazu sollen alle, die jemals einen Rat von Herrn Namiya erhielten, ihre ungeschminkte Meinung an ihn senden. Dieser erhält dann in der Vergangenheit die Briefe und kann sie vor seinem Tod noch lesen.

Danach kommt ein Jugendlicher auf Herrn Namiya zu. Durch sein Problem wird das Verfahren der Ratsuche bei Namiya Gemischtwaren verändert: Früher kamen die Kinder und Jugendlichen mit Scherzfragen zu ihm, doch Kosuke hat ein ernsthafteres Problem. Seine Eltern wollen bei Nacht und Nebel mit ihm verschwinden, um ihren Schulden zu entgehen. Kosuke möchte nicht mitfahren, hat er das Vertrauen zu seinen Eltern doch verloren und fragt nun was er tun soll. Kosuke entscheidet sich gegen den Rat von Herrn Namiya, läuft weg, wird aufgegriffen und ins Kinderheim gesteckt, wo er bleibt bis er eine Ausbildung in einer Holzwerkstatt beginnt.

Im letzten Teil geht es um ebenfalls um eine junge Frau. Sie möchte den Menschen, die in ihrer Kindheit für sie da waren, eine Hilfe sein, allerdings kann sie mit ihrem mickrigen Bürojob kaum selbst überleben, geschweige denn, dass sie etwas übrig hat, um ihre Familie zu unterstützen. Als ihr ein Job als Hostess angeboten wird, macht sie eine Zeit lang zwei Jobs, aber da sie so müde ist, überlegt sie, den Bürojob aufzugeben. Hier wünscht sie sich seinen Rat von Herrn Namiya, allerdings möchte sie eher wissen, wie sie ihrer Familie von der Notwendigkeit des Hostess-Jobs überzeugen kann. Namiya (bzw. Shota, Atsuya und Kohei), die der jungen Frau erst raten, reich zu heiraten, greifen massiv in die Zukunft ein und empfehlen ihr so viel Geld wie möglich anzusparen. Sie geben ihr Hinweise wie sich die Wirtschaft entwickeln wird, sodass sie immer rechtzeitig in ein Geschäft ein- aber auch pünktlich wieder aussteigen kann.

Alle Figuren haben eine Verbindung zu Marukoen, dem Waisenhaus, und kommen auf die ein oder andere Weise in Kontakt mit Namiya Gemischtwaren, denn auch die drei Einbrecher waren früher in diesem Waisenhaus. Und wie sich herausstellt, hatte sogar Herr Namiya eine sehr enge Verbindung zum Waisenhaus…